140 лет со дня рождения основателя ННИИЭМ им.академика И.Н.Блохиной  Елизаветы Ивановны Миролюбовой (1879–1962)
18  10.2019
21 октября 2019 г. исполняется 140 лет со дня рождения одного из основателей института, организатора первой в Нижнем Новгороде Пастеровской станции – Миролюбовой Елизаветы Ивановны.
Итоги XI всероссийской научно-практической конференции молодых ученых и специалистов Роспотребнадзора
07  10.2019
2-4 октября 2019 г. состоялась XI Всероссийская научно-практическая конференция молодых учёных и специалистов Роспотребнадзора «Современные проблемы эпидемиологии, микробиологии и гигиены».

Лаборатория метагеномики и молекулярной индикации патогенов

Главная  »  Структура института  »  Лаборатории  »  Лаборатория метагеномики и молекулярной индикации патогенов
Версия для печати

Заведующий лабораторией кандидат медицинских наук, доцент Бруснигина Нина Федоровна

Изучение нуклеиновых кислот микроорганизмов в Нижегородском НИИ эпидемиологии и микробиологии началось с 1959 г. по инициативе директора института академика АМН СССР Блохиной И.Н. и при поддержке академика АН СССР А.Н. Белозерского. В 1973 г. была образована лаборатория геносистематики бактерий (одна из первых в СССР), которую возглавила доктор биологических наук Леванова Г.Ф. С 1989г.  по 2012г.  лабораторией руководил доктор биологических наук Мазепа Владимир Николаевич. В настоящее время  заведующим лабораторией является кандидат медицинских наук, доцент Бруснигина Нина Федоровна.

В 2013 г. лаборатория молекулярно-генетических методов надзора за инфекционными заболеваниями была переименована в лабораторию метагеномики и молекулярной индикации патогенов.

В лаборатории работают 5 кандидатов биологических наук. На базе лаборатории с 1996 г. функционирует Волго-Вятский региональный научно-практический центр по индикации,  идентификации и таксономии микроорганизмов и организации противоэпидемической работы в экстремальных условиях. Центр оказывает научно-методическую, консультативную и диагностическую помощь учреждениям здравоохранения и Роспотребнадзора.

Основные научные направления лаборатории:

  • Изучение видового и генетического разнообразия бактериальных и вирусных патогенов - возбудителей  актуальных инфекций (папилломавирусной, герпесвирусной, микоплазменной, негонококковых урогенитальных инфекций).
  • Разработка комплексного подхода к индикации и идентификации возбудителей актуальных инфекционных болезней на основе молекулярно-генетических методов, включая технологию высокопроизводительного секвенирования.
  • Изучение механизмов антибиотикорезистентности и патогенности микоплазм - возбудителей бронхолегочных и урогенитальных инфекций с использованием полногеномного секвенирования.
  • Определение и характеристика различных генетических маркеров эпидемически значимых штаммов микроорганизмов - возбудителей инфекций, связанных с оказанием медицинской помощи (ИСМП).
  • Разработка методических приемов и оптимальных алгоритмов проведения метагеномных исследований.

Основные научные достижения лаборатории:

  • Разработаны оптимальные алгоритмы индикации и идентификации методом ПЦР актуальных инфекционных агентов: возбудителей урогенитальных инфекций (хламидии, микоплазмы, уреаплазмы, нейссерии, цитомегаловирус, герпесвирусы разных типов, папилломавирусы человека высокого канцерогенного риска и др.); возбудителей воспалительных заболеваний органов дыхания, нейроинфекций (менингококки, пневмококки, гемофилы, энтеровирусы), парентеральных вирусных гепатитов В, С, D, G, TTV (с оценкой вирусной нагрузки и генотипированием вируса гепатита С); острых кишечных инфекций (сальмонеллы, шигеллы, энтеровирусы, вирус гепатита А и др.).
  • Разработан комплексный метод диагностики хеликобактерной инфекции, позволяющей определять количество возбудителя, контролировать эффективность проведенной терапии, выявлять гены патогенности и устойчивости к антибиотикам Helicobacter       pylori.
  • Разработан оптимальный алгоритм комплексного ПЦР обследования часто болеющих детей на бактерии рода Mycoplasma и вирусы группы герпеса, позволяющий повысить эффективность и достоверность диагностики и лечения заболеваний неясной этиологии.
  • Проведены пионерские исследования и получены оригинальные результаты по определению молекулярных механизмов резистентности к фторхинолонам и макролидам урогенитальных микоплазм.
  • Впервые с использованием полногеномного секвенирования  получена молекулярно-генетическая характеристика клинических изолятов урогенитальных микоплазм и клебсиелл, устойчивых к антибактериальным прпаратам.
  • Впервые проведено генотипирование цитомегаловирусов, циркулирующих на территории России, определены доминирующие генотипы в группах риска (дети и пациенты, перенесшие трансплантацию солидных органов).
  • Получены новые знания о распространенности  различных генотипов папилломавирусов высокого канцерогенного риска среди населения Нижегородского региона, что позволило  расширить информационную базу для совершенствования эпидемиологического надзора за папилломавирусной инфекцией и повысить эффективность профилактики рака шейки матки.
  • Впервые разработана новая медицинская технология «Комплексное ПЦР-обследование пациентов с инфекционно-аллергическими заболеваниями органов дыхания», позволяющая сокращать себестоимость исследования и  повышать эффективность выявления инфекционных агентов.

В настоящее время лаборатория оказывает помощь практическому здравоохранению в диагностике более 30 нозологических форм инфекций и расшифровке вспышечной заболеваемости.

список наиболее значимых публикаций

Перечень видов научно-исследовательской деятельности, предлагаемой на договорной основе научным и практическим учреждениям здравоохранения, санэпиднадзора, заинтересованным организациям:

  • Полногеномное  и мультилокусное секвенирование бактериальных ДНК с целью поиска и маркирования эпидемически значимых штаммов патогенных и условно-патогенных микроорганизмов при эпидемиологических расследованиях.
  • Разработка и оптимизация алгоритмов детекции и идентификации микроорганизмов, в том числе труднокультивируемых и генномодифицированных. Детекция редких форм бактерий, вирусов и их ассоциаций.
  • Определение маркеров антибиотикорезистентности и патогенности возбудителей актуальных инфекций.
  • Молекулярно-генетическая характеристика с использованием технологий NGS-секвенирования бактериофагов, активных в отношении возбудителей ИСМП, оценка их безопасности с точки зрения возможной трансдукционной передачи маркеров резистентности и патогенности.
  • Определение генов факторов патогенности (токсигенность, инвазивность и др.) в штаммах энтеробактерий (шигелл, сальмонелл, эшерихий и др.).
  • Индикация, идентификация и эпидемиологическое маркирование бактериальных и вирусных возбудителей бронхолегочных инфекций (включая внебольничные пневмонии) и  нейроинфекций (гнойных и серозных менингитов).
  • Оказание всесторонней помощи медицинским организациям различного профиля в области молекулярной диагностики инфекционных болезней (более 30 нозологических форм).
  • Оказание помощи организациям Роспотребнадзора при расследовании вспышечной заболеваемости  ОКИ, ИСМП с использованием современных молекулярно-генетических технологий.
  • Разработка алгоритмов действий при организации противоэпидемической работы в экстремальных условиях. 

Перечень лабораторно-диагностических услуг, предлагаемых заинтересованным организациям и физическим лицам на договорной основе:

  • Выявление методом ПЦР (традиционная ПЦР, ПЦР «end point», «Real time» ПЦР) в различных биологических субстратах (кровь, моча, слюна, слезное отделяемое, соскобы слизистых уретры, цервикального канала и т.д.), в продуктах питания и объектах внешней среды широкого спектра инфекционных агентов:
  • Микробиологическое исследование мочи, соскобов слизистых различных отделов урогенитального тракта с целью определения клинически значимых концентраций и чувствительности к антибиотикам Ureaplasma urealyticum и Mycoplasma hominis.

Участие в выполнении исследований высококвалифицированных научных сотрудников, имеющих ученые степени кандидатов медицинских и биологических наук, обеспечивает высокое качество исследований и объективную трактовку результатов.

Время приема анализов и выдача результатов: понедельник – пятница с 9.00 до 16.30

подробнее

Контактный телефон (831) 432-87-91 Бруснигина Нина Федоровна

E-mail: mazepavn@mail.ru

Адрес: ул. Родионова, д. 192

Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека
RUS | ENG
(831) 469-79-01
События